Les robes bigarrées sont celles que l’on appelle Merle ou Arlequin.
Leur particularité tient à l’existence de plages déchiquetées d’une certaine couleur sur un fond de la même couleur diluée : noir sur bleu, parfois marron sur beige, exceptionnellement fauve sur sable. Une dilution très forte allant jusqu’au blanc explique l’Arlequin.
Le gène responsable est le gène « M » de la série M qui domine le gène normal « m », sans action. Le génotype homozygote « MM » est connu pour être lié à des anomalies oculaires et auditives. L’action du gène « M » se superpose à l’action des gènes des autres séries.
La couleur Merle n’apparaît pas depuis longtemps chez le chihuahua. Probablement qu’elle est entrée dans la race par croissement avec d’autres races, comme le Dashund ou le Sheltie. Un chihuahua Merle n’est donc pas une race pure, mais un croissement. Si l’on croise deux chihuahuas merle, on peut voir des problèmes de santé, comme par exemple surdité, cécité …. ou devenir, en grandissant, un chihuahua trop grand.
Vu les risques de problèmes certains pays ont décidés depuis de ne plus délivrér de pedigree pour des chihuahuas Merles, d’autres pays y travaillent toujours ou ont déjà établis une interdiction d’élevage pour la couleur Merle.
Dans le standard Mexicain de la race de Chihuahua la couleur bleu merle n’est plus admise et elle est considérée comme faute de disqualification. Aussi dans de le standard du F.C.I. la couleur Merle est une faute de disqualification depuis octobre 2009.